در اواخر سال 1350، پس از تشکیل وزارت علوم و آموزش عالی و شروع برنامه‌هایی برای حمایت و تشویق از فعالیت‌های علمی در کشور، عده‌ای از استادان اقتصاد و اقتصاددانان ایران در‌صدد برآمدند یک انجمن علمی به منظور فعالیت در زمینه علوم اقتصادی به وجود بیاورند. برای این منظور و اطلاع از چگونگی حمایت وزارت علوم و آموزش عالی از چنین فعالیتی به آن وزارتخانه و دفتر روابط و همکاری‌های دانشگاهی آن مراجعه کردند و در مقابل پرسش خود اطلاع یافتند که اگر عده‌ای از اقتصاددانان اقدام به تاسیس یک انجمن علمی در زمینه علوم اقتصادی کنند، از تایید و حمایت وزارت علوم و آموزش عالی برخوردار خواهند بود. در آن دوران، دکتر حسین کاظم‌زاده وزیر علوم و آموزش عالی وقت توجه و پشتیبانی ویژه‌ای به تاسیس انجمن‌های علمی کرد.

به پیشنهاد این هیات وزارت علوم و آموزش عالی از دانشگاه‌ها و موسسات عالی آموزشی و همچنین از موسسات اقتصادی دولتی و خصوصی مانند سازمان برنامه و بودجه، بانک مرکزی ایران، بانک ملی ایران، وزارت دارایی، وزارت اقتصاد، اتاق صنایع و بازرگانی ایران و سایر بانک‌ها و موسسات اقتصادی تقاضا کرد در صورت تمایل اقتصاددانان آن موسسات به شرکت در تاسیس انجمن اقتصاددانان ایران، یک نماینده از بین اقتصاددانان آن وزارتخانه یا موسسه برای تاسیس هیات موسس معرفی و اعزام دارند. انجمن اقتصاددانان ایران که به کمک 20 نفر نمایندگان دانشگاه‌ها و موسسات آموزش عالی، وزارتخانه‌ها و سازمان‌های دولتی و موسسات بخش خصوصی و با همکاری وزارت علوم و آموزش عالی در مرداد‌ماه 1351 تاسیس و اساسنامه آن تصویب شد، پس از نزدیک به دو سال پیگیری اعضای هیات اجرایی موقت در شهریور 1353 تحت شماره 1425 به ثبت رسید و فعالیت خود را با تشکیل اولین کنگره در دی‌ماه همان سال آغاز کرد.